在选择杀菌釜时，主要考虑因素包括温度控制的精确度和热分布的均匀性。对于那些需要严格控制杀菌温度的产品，尤其是出口产品，全自动杀菌釜是更合适的选择，因为它能实现精确的温度和压力控制。这不仅保持了包装的美观性，而且能更好地满足国内外的食品杀菌标准。相比之下，手动杀菌釜的杀菌过程较为困难，温度和压力的控制完全依赖人工操作，这使得食品的外观难以保证，且容易出现涨罐（袋）和破损的情况。
从节能的角度考虑，水浸泡杀菌釜是一个经济的选择。其设计特点包括上罐为热水罐，下罐为处理罐。在次杀菌结束后，上罐中的热水可以重复使用，用于后续的杀菌过程，从而节约了加热所需的蒸汽能源。此外，水浸泡杀菌釜的批次杀菌量较大，适合处理较大包装的产品或产量较大的生产厂家。
通过少量工艺水的快速循环，可以进一步节约蒸汽和加热能耗。对于大包装的袋装产品和真空包装肉制品，建议采用水浸泡杀菌釜。在这种杀菌方式下，产品完全浸泡在工艺水中，热穿透速度快，热分布效果好，使得产品在杀菌过程中无需有序摆放，从而简化了杀菌生产流程。