首先，主要从控温精度和热分布均匀性上进行选择。对于需要严格控制杀菌温度精度的产品，尤其是出口产品，选择全自动杀菌釜更为适合。这种釜能实现精准控温控压，不仅能保持包装的美观性，还能更好地达到国内外食品杀菌标准。
相比之下，手动杀菌釜的杀菌难度较高。因为其控温和控压等全部由人工完成，食品外观很难掌握，涨罐（袋）和破损率也较高。
若从节约能源方面考虑，可以选择水浸泡杀菌釜。它的特点是上罐是热水罐，下罐是处理罐。上罐的热水在次杀菌结束后可重复使用，为后续杀菌提供热源，能够节约加热所需的蒸汽能源。此外，相比之下，这种釜的批次杀菌量大，适合较大包装产品或是产量较大的厂家使用。其优点在于少量工艺水快速循环，可以节约蒸汽和加热能耗。
对于大包装类袋装产品、真空包装肉制品类的食品，建议采用水浸泡杀菌釜。产品在杀菌时完全浸泡在工艺水中，热穿透速度快、热分布效果好。而且，产品在杀菌时无需有序摆放，这样杀菌生产更为便捷。